Με βάση το Ν. 4186/2013 (Ιδρυτικός Νόμος Ε.Ο.Ε.) το ανώτατο διοικητικό όργανο του Οργανισμού είναι το Συμβούλιο. Τα μέλη του Συμβουλίου απολαμβάνουν κατά την άσκηση των καθηκόντων τους προσωπικής και λειτουργικής ανεξαρτησίας. Το Συμβούλιο της Αρχής αποτελείται από τα ακόλουθα μέλη: Τον Πρόεδρο, ο οποίος είναι επιστήμονας με υψηλού επιπέδου επιστημονικό έργο και αποδεδειγμένη εμπειρία, σε θέματα εξετάσεων και εν γένει του εκπαιδευτικού έργου της Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης, τον Πρόεδρο του Ι.Ε.Π., τέσσερις εκπαιδευτικούς της Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης με βαθμό τουλάχιστον Β΄ οι οποίοι είναι κάτοχοι διδακτορικού διπλώματος ή μεταπτυχιακού διπλώματος σε αντικείμενο συναφές με την αποστολή και τις δραστηριότητες της Αρχής, έναν Καθηγητή Πανεπιστημίου της χώρας ή της αλλοδαπής ανά Ομάδα Προσανατολισμού Επιστημών, έναν Σχολικό Σύμβουλο ανά Κλάδο κατ’ αντιστοιχία με τα πανελληνίως εξεταζόμενα μαθήματα, τον εκάστοτε Γενικό Διευθυντή Σπουδών Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης, τον εκάστοτε Διευθυντή της Διεύθυνσης Εξετάσεων.

ΥΟΔΔ579/2014: Ο Ορισμός του Συμβουλίου του Εθνικού Οργανισμού Εξετάσεων (Ε.Ο.Ε.).

ΥΟΔΔ69/ 2016:  Αντικατάσταση μελών Συμβουλίου του Εθνικού Οργανισμού Εξετάσεων (Ε.Ο.Ε.).