Με βάση τον Ιδρυτικό Νόμο του Ε.Ο.Ε. ν.4186/2013 (Α΄193), όπως τροποποιήθηκε με το άρθρο 44 του ν. 4264/2014 (Α΄118), το άρθρο 42 του ν. 4351/2015 (Α΄ 164) και το άρθρο 57 του ν. 4692/2020 (Α΄111)  το ανώτατο διοικητικό όργανο του Οργανισμού είναι το Συμβούλιο. Τα μέλη του Συμβουλίου απολαμβάνουν κατά την άσκηση των καθηκόντων τους προσωπικής και λειτουργικής ανεξαρτησίας. Το Συμβούλιο της Αρχής αποτελείται από τα ακόλουθα μέλη: Τον Πρόεδρο του Εθνικού Οργανισμού Εξετάσεων, τρία (3) μέλη Διδακτικού Ερευνητικού Προσωπικού (Δ.Ε.Π.) Ανώτατου Εκπαιδευτικού Ιδρύματος (Α.Ε.Ι.) της ημεδαπής και τέσσερις (4) Συντονιστές Εκπαιδευτικού Έργου που καλύπτουν τις ειδικότητες των Ανθρωπιστικών Επιστημών, των Μαθηματικών, των Φυσικών Επιστημών, της Οικονομίας και των Τεχνολογικών Επιστημών με τους αναπληρωτές τους, και τον εκάστοτε Προϊστάμενο της Γενικής Διεύθυνσης Ψηφιακών Συστημάτων, Υποδομών και Εξετάσεων ή, εφόσον αυτός απουσιάζει, κωλύεται ή ελλείπει, τον Προϊστάμενο της Διεύθυνσης Εξετάσεων και Πιστοποιήσεων.

Το νέο Διοικητικό Συμβούλιο του Ε.Ο.Ε. ορίστηκε με την 161/ΕΟΕ/22-7-2020 (ΥΟΔΔ 620). 

Το προηγούμενο Συμβούλιο του Ε.Ο.Ε. (2014-2018): ΥΟΔΔ579/2014: Ο Ορισμός του Συμβουλίου του Εθνικού Οργανισμού Εξετάσεων (Ε.Ο.Ε.) και ΥΟΔΔ69/ 2016:  Αντικατάσταση μελών Συμβουλίου του Εθνικού Οργανισμού Εξετάσεων (Ε.Ο.Ε.).